深圳港將形成“兩翼、六區、三主”的總體格局：“兩翼”指東、西部兩大港口群，“六區”指東部的鹽田、大鵬港區和西部的南山、大鏟灣、大小鏟島和寶安港區，“三主”指以集裝箱運輸為重點、體現深圳港核心競爭力的鹽田、南山和大鏟灣三大主體港區。

　　根據港區資源條件和發展潛力，結合城市總體規劃，各港區的功能分工如下：

　　南山港區：是集裝箱干線港的重要組成部分，依托集裝箱運輸發展現代物流，兼具郵輪、旅客和散、雜貨運輸及修造船等多功能的綜合性港區。

　　大鏟灣港區：是集裝箱干線港的重要組成部分，依托集裝箱運輸發展現代物流。

　　大小鏟島港區：以成品油和液體化工品運輸為主。

　　寶安港區：以散、雜貨運輸和旅客運輸為主，適度發展集裝箱駁船運輸。

　　鹽田港區：是集裝箱干線港的重要組成部分，依托集裝箱運輸發展現代物流。

　　大鵬港區：以成品油、液體化工品、液化氣運輸為主，兼顧水上旅游客運功能，是深圳港東部能源儲運基地。